Ponieważ NAAT wykrywa geny odpowiedzialne za wytwarzanie toksyn, a nie wolną toksynę, opisywano problem niższej wartości predykcyjnej wyniku dodatniego (PPV) w porównaniu z testami wykrywającymi toksyny, zwłaszcza w populacjach o niskim prawdopodobieństwie klinicznym CDI. Z tego powodu w zaleceniach podkreślano, że przy niejasnych wskazaniach nie rekomenduje się NAAT jako jedynego testu, a preferuje się algorytmy wielostopniowe oparte na badaniu wstępnym o bardzo dużej czułości (GDH i/lub NAAT), a następnie teście toksyn o większej swoistości.
W wytycznych zwraca się uwagę, że w przypadku dodatniego wyniku GDH/NAAT i ujemnego wyniku toksyn należy rozważyć inne przyczyny objawów przed włączeniem leczenia, ponieważ taki układ wyników często odpowiada kolonizacji (np. nosicielstwu toksynotwórczego szczepu przy stężeniu toksyn poniżej progu detekcji lub nosicielstwu szczepu niewytwarzającego toksyn, gdy dodatni jest antygen GDH). Jednocześnie w razie klinicznie silnego podejrzenia CDI opisywano potrzebę poszerzenia diagnostyki, zamiast automatycznego wykluczania zakażenia na podstawie samego braku toksyn.