Rejestracja Towarzystwa nastąpiła 13 stycznia 2003 r. dokonana przez Komitet Założycielski w składzie: Kazimierz Pawełek, redaktor naczelny „Kuriera Lubelskiego”, Senator RP; prof. Marian Harasimiuk, rektor Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie, Edward Balawejder, dyrektor Muzeum Obozu Koncentracyjnego na Majdanku. Siedzibą Towarzystwa został Kazimierz Dolny nad Wisłą, ale bieżąca działalność stowarzyszenia koncentruje się w Lublinie, gdzie znajduje się biuro stowarzyszenia oraz w Warszawie i Nowym Jorku.
Inauguracyjne posiedzenie Towarzystwa Jana Karskiego odbyło się 21 listopada 2003 r. w Kazimierzu Dolnym – w Kamienicy Sarzyńskich a poprzedzone zostało 20 listopada 2003 r., zorganizowaną pod patronatem Marszałka Senatu RP i Zastępcy Sekretarza Generalnego ONZ, wspólnie z Uniwersytetem Marii Curie-Skłodowskiej międzynarodową Sesją pn. „Profesor Jan Karski. Człowiek. Bohater. Uczony”.