Tego samego lata został mianowany wikariuszem archiprezbitera Monzuno (BO), a jednocześnie powierzono mu opiekę duszpasterską nad niewielką parafią San Nicolò della Gugliara. Przebywał w Monzuno, gdy 25 lipca 1943 roku upadł rząd faszystowski, a 8 września ogłoszono zawieszenie broni. W tym trudnym i delikatnym czasie rola proboszczów była kluczowa, zwłaszcza w obronie ludności przed arogancją zarówno żołnierzy niemieckich (), jak i partyzantów.
28 marca 1944 roku don Marchioni został mianowany skarbnikiem duchowym San Martino; 30 kwietnia był świadkiem wstąpienia don Casagrande na tymczasową stolicę biskupią w La Quercia; 17 maja podpisano bullę biskupią mianującą go archiprezbiterem San Martino; 23 maja don Marchioni otrzymał inaugurację kanoniczną, a 15 czerwca formalnie objął beneficjum parafialne. Chciał zabrać ze sobą rodzinę: ojca, Augusta, który porzucił posadę listonosza w Vimignano, aby pomóc w zarządzaniu beneficjum; matkę, Antoniettę; i nastoletnią siostrę Martę.