Po dojściu NSDAP do władzy Metzger stał się obiektem inwigilacji ze strony służb bezpieczeństwa ze względu na swoje poglądy antyrasistowskie i pacyfistyczne. Był dwukrotnie aresztowany w Augsburgu: w 1934 roku za publikację broszury dotyczącej relacji państwo-Kościół, w 1939 roku w związku z podejrzeniem o współudział w zamachu na Adolfa Hitlera w Monachium.
Po nałożeniu na niego zakazu publikacji przeniósł się do Berlina. W czerwcu 1943 roku został zatrzymany w ramach aresztu prewencyjnego. Bezpośrednią przyczyną oskarżenia o zdradę stanu (niem. Hochverrat) była denuncjacja przez współpracownicę, Dagmar Imgart. Przekazała ona gestapo informację o memorandum pokojowym autorstwa Metzgera, skierowanym do biskupa Uppsali, Erlinga Eidema, a dotyczącym reorganizacji Niemiec po wojnie. 14 października 1943 roku Trybunał Ludowy (Volksgerichtshof) skazał go na karę śmierci. Wyrok wykonano 17 kwietnia 1944 roku w więzieniu w Brandenburgu.
Przez wiele lat po wojnie sądownictwo RFN podtrzymywało wyrok skazujący. Pełna rehabilitacja prawna Metzgera nastąpiła dopiero w 1997 roku, kiedy to sąd uznał wyrok nazistowski za bezprawny.