Regularne wyprawy portugalskich flot niszczyły miasta i paraliżowały handel morski, co doprowadziło do upadku nawet najpotężniejszych ośrodków, w tym Kilwy. Portugalczycy niejednokrotnie zawierali doraźne sojusze z plemionami uznawanymi przez mieszkańców wybrzeża za szczególnie groźne, m.in. z ludem Zimba, co potęgowało destabilizację regionu. Mimo militarnej dominacji Lizbona nie dążyła do rzeczywistej kolonizacji wybrzeża, traktując je przede wszystkim jako zaplecze logistyczne w handlu z Indiami i Molukami. Administracja portugalskich posiadłości afrykańskich była podporządkowana wicekrólowi rezydującemu w Goa, a izolowane posterunki na wybrzeżu bywały przez lata pozbawione kontaktu z metropolią. Mimo to Portugalczycy utrzymali swoją obecność w regionie wyjątkowo długo, wycofując się ostatecznie dopiero z Mozambiku po około pięciu stuleciach.
Pod koniec XVII wieku rozpoczął się proces odbudowy wpływów arabskich na wschodnim wybrzeżu Afryki. W kolejnych dekadach inicjatywę przejęło lokalne imperium Omanu, a w XIX wieku sułtan Omanu Sajid Said przeniósł swoją stolicę z Maskatu na Zanzibar, ustanawiając kontrolę nad wybrzeżem Zanzibaru i innymi portami w regionie.