Praca naukowo-dydaktyczna Janina Nowak prowadziła badania nad wpływem właściwości gleb, czynników klimatycznych i biologicznych na szybkość zanikania i wielkość pozostałości pestycydów stosowanych w różnych preparatach i formach użytkowych. Zajmowała się także doborem odpowiednich nośników mineralnych i stabilizatorów przy formowaniu nowych preparatów ochrony roślin, oceną oddziaływania różnych substancji (środków ochrony roślin, nawozów mineralnych, kompostów z osadów ściekowych, metali ciężkich, związków fluoru, ropopochodnych, selenu) na metabolizm gleby i rośliny. Publikował prace o roli substancji humusowych i minerałów ilastych w redukcji toksyczności właściwości metali ciężkich, związków fluoru oraz pestycydów. Opracowała nowe metody oznaczania pestycydów, związków fluoru oraz azotanów i azotynów w glebie i roślinie. Opublikowała około 160 prac. Wypromowała 7 doktorów.
Odznaczenia i nagrody Brązowy Krzyż Zasługi (1978) Złoty Krzyż Zasługi (2001) Medal Komisji Edukacji Narodowej (2002) nagroda II° Ministra Nauki, Szkolnictwa Wyższego i Techniki (1981) nagrody rektora (1978,