Był bystrym biznesmenem. W początkach swojej kariery inwestował w nieruchomości w Sacramento i okolicach, gromadząc majątek, który w chwili jego śmierci wyceniono na 150 000 dolarów. Był również właścicielem budynku Wells Fargo przy Second Street i niewątpliwie posiadał również inne nieruchomości. Dzięki tym i innym kompetencjom przeszedł na emeryturę w wieku zaledwie czterdziestu ośmiu lat. W 1871 roku został członkiem, w 1878 roku wiceprezesem, a w latach 1887–1896 prezesem Kalifornijskiej Akademii Nauk. W 1896 roku został kuratorem ds. grzybów w tej akademii.
Praca naukowa Wczesne przejście na emeryturę umożliwiła mu pełne poświęcenie się swojemu hobby – badaniu grzybów wybrzeża Pacyfiku. Główną część jego badań stanowiło katalogowanie dotychczas nieopisanych grzybów Kalifornii. Harkness był autorem lub współautorem wielu artykułów i książek na temat grzybów kalifornijskich (zwłaszcza trufli), od prostych list gatunków po szczegółową monografię grzybów podziemnych Kalifornii. Wśród nich znalazła się ważna, napisana wspólnie z Justinem P. Moore’em w 1880 roku praca pt. „Catalog of the Pacific Coast Fungi”.