Zagospodarowanie Dorzecze rzeki w znacznej mierze zostało zmienione przez działalność rolniczą i infrastrukturę turystyczną. Nad brzegami Miry budowane są hotele, pola golfowe i domy letniskowe, co często wzbudza obiekcje środowisk ekologicznych alarmujących o niszczeniu dzikich siedlisk. Vila Nova de Milfontes, będące głównym ośrodkiem przy ujściu rzeki, ma zazwyczaj około 5000 mieszkańców, jednak w sezonie letnim liczba ta wzrasta nawet do 50 000. Skutkiem tego niedostosowana infrastruktura (np. oczyszczalnie ścieków) doprowadza do zrzutów zanieczyszczeń do estuarium. W rzece notuje się stężenia fosforanów przekraczające dozwolone normy oraz podwyższony poziom substancji zaburzających gospodarkę hormonalną (tzw. EDC) pochodzących ze ścieków komunalnych, jak i intensywnego rolnictwa (w tym szklarni przemysłowych) zlokalizowanego w regionie Odemiry.
Ochrona przyrody Rzeka Mira posiada wyjątkowe znaczenie przyrodnicze – cały jej odcinek ujściowy znajduje się w granicach obszaru chronionego. Przepływa przez , który charakteryzuje się bioróżnorodnością oraz obecnością gatunków zagrożonych.