Klęski wojsk koronnych w bitwach nad Żółtymi Wodami i pod Korsuniem wywarły przygnębiające wrażenie na szlachcie. Sejmiki wojewódzkie zwołane w 1648 przez Prymasa podjęły uchwały w sprawie nowych zaciągów i odbudowy armii koronnej. Na tej podstawie została utworzona chorągiew kozacka starosty krzemienieckiego Michała Czartoryskiego . W trzecim kwartale 1649 liczyła 95 koni.
Po staroście krzemienieckim Michale Czartoryskim, z dniem 1 października 1654 szefostwo chorągwi przejął Wacław Lanckoroński.
Z dniem 1 kwietnia 1657 wojewoda bracławski Michał Czartoryski przejął szefostwo chorągwi od chorążego halickiego Michała Stanisławskiego,
W 1667 podpisany został traktat w Andruszowie i tym samym zakończyła się wojna z Moskwą. W tym też roku przeprowadzono redukcję wojsk koronnych o około 30%. Chorągiew kozacka wojewody wołyńskiego Michała Jerzego Czartoryskiego liczyła wtedy 100 koni. Dowodził Franciszek Pruszkowski.