Do 28 lutego 1942 roku załoga jednostki przechodziła szkolenie w składzie , operując z Gdańska.

Pierwszy rejs bojowy 11 marca 1942 roku U-209 wyszedł z Kilonii i następnego dnia osiągnął Helgoland, skąd 15 marca udał się na swój pierwszy wojenny patrol na Morze Norweskie. W dniach 23–29 marca okręt wchodził w skład wilczego stada . 28 marca o godzinie 7:04 okręt podwodny został dostrzeżony przez brytyjski trawler ZOP HMS „Blackfly” (FY117), eskortujący polski statek handlowy „Tobruk” – marudera z konwoju . U-209 zanurzył się, po czym został obrzucony dwiema bombami głębinowymi, z których tylko jedna eksplodowała. O 7:42 U-209 wystrzelił w kierunku trawlera niecelną torpedę z wyrzutni rufowej, który odpowiedział na atak dwoma kolejnymi bombami głębinowymi; następne kontakt został zerwany z powodu zamieci śnieżnej. Następnego dnia na Morzu Barentsa o godzinie 11:03 okręt wykonał alarmowe zanurzenie po wykryciu przez brytyjskie trałowce i , które przeprowadziły do godziny 12:44 siedem ataków na U-Boota zrzucając łącznie 30 bomb głębinowych. Po usłyszeniu dwóch podwodnych eksplozji załogi trałowców zgłosiły zatopienie okrętu podwodnego, jednak U-209 zdołał oddalić się bez uszkodzeń po kilku pierwszych atakach.