Po poświęceniu nowego ołtarza w 1963 kult do Jezusa wzbogacił się o nowe formy modlitewne: na mocy zezwolenia ordynariusza tarnowskiego Jerzego Ablewicza wprowadzono w każdy wtorek (rano i wieczorem) specjalną nowennę do Pana Jezusa w Więzieniu; nabożeństwo składało się z mszy św. z wystawieniem Najświętszego Sakramentu w puszce, litanii do Najdroższej Krwi Chrystusa, specjalnej modlitwy do Jezusa, zakończone błogosławieństwem Najśw. Sakramentu. W tym czasie powstała lokalna pieśń: „Kiedy przed Tobą staję Jezu, Panie” – słowa napisał ks. Władysław Wójtowicz (jezuita), muzykę skomponował ks. prof. Teofil Górnicki (wikariusz gorlickiej parafii). Przy figurze znajdują się wota dziękczynne (drogocenne i liczne wota zostały zrabowane 23 kwietnia 1977 r.) oraz świecznik wotywny. Obecnie w każdy 3. wtorek miesiąca o godz. 8.00 odbywa się msza św. z homilią przy ołtarzu Pana Jezusa w Więzieniu w intencji zmarłych i żyjących czcicieli Chrystusa Ubiczowanego oraz w intencjach składanych przez parafian i pielgrzymów (z odczytaniem podziękowań i próśb). W każdy wtorek wielkiego postu w bazylice śpiewane są Godzinki o Męce Pańskiej. Przejawem kultu jest doroczny odpust ku czci Pana Jezusa w Więzieniu obchodzony w I. niedzielę wielkiego postu;