Oskarżenia o zbrodnie wojenne We wrześniu 2006 serbska stacja telewizyjna B92 upubliczniła dwa nagrania wideo, na których Dudaković wydawał rozkaz spalenia serbskiej wsi w czasie Operacji Sana w 1995. Drugie z nagrań przedstawiało egzekucję serbskiego cywila, który poddał się oddziałom dowodzonym przez Dudakovicia. Dudaković zaprzeczył oskarżeniom, podkreślając, że Armia BiH nie dopuszczała się zbrodni wojennych, a jeśli takie przypadki miały miejsce, to ich sprawcy zostali surowo osądzeni. Filmy uznał za dzieło serbskiej propagandy.
W 2009 stacja telewizyjna bośniackich Serbów zaprezentowała kolejne wideo, przedstawiające egzekucję dwóch jeńców bośniackich, lojalnych wobec Fikreta Abdicia, za którą miał odpowiadać Dudaković.
W kwietniu 2018 policja bośniacka zatrzymała Atifa Dudakovicia i 12 jego dawnych podkomendnych, oskarżając go o popełnienie zbrodni przeciwko ludzkości w czasie wojny w Bośni. Według aktu oskarżenia, oddziały podległe Dudakoviciowi miały zabić ponad 300 cywilów, a także spalić 38 serbskich cerkwi. Ofiarami ich działań mieli paść zarówno Serbowie jak i Boszniacy, lojalni wobec Abdicia, a także oficerowie chorwaccy. W sprawie zebrano zeznania ponad 100 świadków, a także taśmy wideo i dowody z ekshumacji zwłok.