Kariera naukowa Zanim na stałe związał się ze środowiskiem akademickim, w latach 1967–1969 pracował jako asystent maszynowy w Polskich Liniach Oceanicznych w Gdyni. Jego właściwa kariera naukowa rozpoczęła się w 1974 roku w Pracowni Teorii Konsolidacji i Termodyfuzji Instytutu Podstawowych Problemów Techniki Polskiej Akademii Nauk (IPPT PAN) w Poznaniu. Początkowo zatrudniony na stanowisku asystenta, w 1980 roku awansował na stanowisko adiunkta. W 1978 r. odbył również staż naukowy w École Nationale Supérieure de Mécanique na Université de Nantes we Francji.
Najdłuższy etap swojej kariery naukowej (lata 1980–2017) Jerzy Weres spędził na Uniwersytecie Przyrodniczym w Poznaniu. Był tam zatrudniony w Zakładzie Informatyki Stosowanej, wchodzącym w skład Instytutu Inżynierii Biosystemów na Wydziale Rolnictwa i Bioinżynierii. Na uczelni tej przeszedł pełną ścieżkę awansu akademickiego, pracując w latach 1974-1980 jako asystent, od 1980 jako adiunkt, w 1995 r. zostawszy profesorem nadzwyczajnym, a finalnie w 2007 roku uzyskując tytuł profesora zwyczajnego.