W czasie swojej posługi duszpasterskiej prowadził Duszpasterstwo Akademickie, Diecezjalne Studium Życia Rodzinnego w Tczewie, Kościół Domowy, utworzył Grupy Liturgiczne, rozwinął drogę neokatechumenalną, założył 3 chóry (Chór św. Krzyża, chór „Juventus”, chór dziecięcy „Biedronki”) i orkiestrę kameralną („Sanctae Crucis”), był członkiem Diecezjalnej Komisji Muzyki Kościelnej.
Przez lata wkładał wiele wysiłku w zabiegi na rzecz odrestaurowania najstarszej tczewskiej świątyni. Inicjował szereg wydarzeń o charakterze sakralnym, kulturalnym, społecznym, odbywały się koncerty o tematyce religijnej. Przez wiele lat organizował ogólnopolskie Sacrosongi, potem Festiwal Twórczości Sakralnej.
Zainicjował i podtrzymywał tradycję wielkiej Drogi Krzyżowej ulicami Starego Miasta w Tczewie. Był też współinicjatorem powołania w 1999 roku Publicznego Katolickiego Liceum Ogólnokształcącego przy parafii Podwyższenia Krzyża Świętego w Tczewie (obecnie Zespół Szkół Katolickich im. Świętej Jadwigi Królowej w Tczewie).
W celu udokumentowania dokonań i zasług ks. prałata Piotra Wysgi, w 2022 roku Józef Ziółkowski z Fabryki Sztuk zrealizował film pt.