część slajdów pochodziła jednak z finansowanego federalnie Lincoln Laboratory Massachusetts Institute of Technology. W sierpniu 2015 roku analitycy wywiadu pracujący dla CENTCOM skarżyli się mediom, twierdząc, że najwyższe kierownictwo dowództwa zmienia lub zniekształca raporty wywiadowcze dotyczące Państwa Islamskiego. W lutym 2017 roku inspektor generalny Departamentu Obrony zakończył dochodzenie i oczyścił najwyższe kierownictwo CENTCOM, uznając, że „zarzuty o celowym zmienianiu, opóźnianiu lub tłumieniu informacji wywiadowczych przez najwyższych urzędników CENTCOM od połowy 2014 do połowy 2015 roku były w dużej mierze niepotwierdzone”.
W styczniu 2018 roku Turcja wezwała Stany Zjednoczone do wycofania wojsk z syryjskiego miasta Manbidż, twierdząc, że w przeciwnym razie mogą one znaleźć się pod ostrzałem wojsk tureckich; były dowódca CENTCOM potwierdził jednak amerykańskie zobowiązanie do utrzymania wojsk w Manbidżu. W 2019 roku rząd irański uznał Centralne Dowództwo za organizację terrorystyczną po tym, jak administracja Donalda Trumpa nadała ten sam status Korpusowi Strażników Rewolucji Islamskiej.