W pierwszej połowie 1655 Rzeczpospolita przygotowywała się do odparcia szwedzkiej agresji. Sejmiki wojewódzkie, a także sejm nadzwyczajny uchwaliły podatki i nakazały zwiększenie liczebności sił zbrojnych. W drugim kwartale roku, w składzie komputu znajdowało się 86 chorągwi kozackich (pancernych) – w sumie 8039 koni. Jedną z nich była chorągiew wojewodzica bracławskiego Jana Potockiego licząca 107 koni.
W pierwszych miesiącach 1656 chorągiew kozacka wojewodzica bracławskiego Jana Karola Potockiego wzięła udział w wyprawie Stefana Czarneckiego przeciw wojskom szwedzkim w Sandomierskie. Liczyła wtedy115 koni. W bitwie pod Gołębiem straciła 8 koni.
W 1657 (potop szwedzki) chorągiew wojewodzica bracławskiego Jana Potockiego „odsądzono” od wypłaty żołdu. Nie wypełniła ona rozkazu udania się pod Gdańsk. Prawdopodobnie zajmowała się w tym czasie łupiestwem.
W 1667 podpisany został traktat w Andruszowie i tym samym zakończyła się wojna z Moskwą. W tym też roku przeprowadzono redukcję wojsk koronnych o około 30%. Chorągiew kozacka wojewody bracławskiego Jana Potockiego liczyła wtedy 100 koni.