Struktura Władze Federacji wybierane są podczas Walnego Zgromadzenia Organizacji Członkowskich. Pracami organizacji kieruje siedmioosobowy ZarządZarząd Federacji Znaki Równości. Kontrolę nad organizacją sprawuje trzyosobowa Komisja rewizyjna. Jej działania wspiera także grupa osób wolontariackich. Organizacje Członkowskie Federacji posiadają pełną autonomię w zakresie podejmowanych działań i realizowanych projektów, zadaniem Federacji jest wspieranie ich w tych działaniach zgodnie z możliwościami i w granicach statutowychStatut Federacji Znaki Równości.
Federacja jest także jedyną wspólniczką spółki Beyond Pride sp. z o.o.KRS: 0000538343, która prowadzi działalność gospodarczą w dwóch liniach biznesu: szkoleniowej oraz prowadzenia sklepu internetowego PrideShop. Dochód generowany przez spółkę jest przeznaczany na działalność społeczną Federacji Znaki Równości.