W 2004 roku szkoła została wyłączona ze struktur CKU i stała się samodzielną placówką edukacyjną.
28 marca 2007 roku decyzją Rady Miejskiej w Grudziądzu szkole nadano imię Jan Paweł II.
Oferta edukacyjna Szkoła prowadzi kształcenie w różnych profilach klas dostosowanych do zainteresowań uczniów. W ofercie znajdują się m.in.:
klasy o profilu ogólnych wraz z elementami ratownictwa przedmedycznego, klasy o profilu mundurowym przygotowującego do służby w Straży Pożarnej i Wojsku, klasy o profilu mundurowym przygotowujące do służby w Policji i Straży Granicznej.
Uczniowie klas mundurowych uczestniczą w zajęciach z zakresu sprawności fizycznej, pierwszej pomocy oraz elementów szkolenia służb mundurowych, często prowadzonych we współpracy z funkcjonariuszami Policji.Zajęcia oddziału mundurowego – III LO w Grudziądzu.
Działalność Szkoła uczestniczy w wielu inicjatywach edukacyjnych i społecznych w Grudziądzu. Organizowane są m.in. wydarzenia patriotyczne, spotkania z przedstawicielami instytucji publicznych oraz zajęcia rozwijające zainteresowania uczniów.Aktualności – III Liceum Ogólnokształcące im.