Po inwazji Niemiec na Polskę para udała się dalej na wschód. Oboje trafili do Równego, gdzie zamieszkali wśród wołyńskich Czechów. Ogłosili, iż są małżeństwem, chociaż formalnie nie wzięli ślubu. Po napaści III Rzeszy na Związek Radziecki ewakuowali się dalej w głąb ZSRR. Przez pewien czas żyli w stanicy Kledskiej nad Donem, gdzie również żyła społeczność czeska. Następnie otrzymali rozkaz udania się do Sriedniej Achtuby, 24 km od Stalingradu, gdzie kontynuowali pracę lekarzy: František jako dyrektor szpitala, Gertruda jako lekarka w przychodni.
Gdy w Związku Radzieckim zaczęły powstawać ochotnicze jednostki czechosłowackie walczące u boku armii radzieckiej, oboje zgłosili się do nich na ochotnika, udając się w 1942 r. do punktu zbornego w Buzułuku. Gertruda Engelová była jedną z pierwszych dwudziestu kobiet, które zostały przyjęte do służby w 1 Czechosłowackim Samodzielnym Batalionie Piechoty. Jako lekarka wojskowa przeszła cały szlak bojowy Batalionu, a następnie 1 Czechosłowackiej Samodzielnej Brygady, którą utworzono na jego bazie. Doszła do stopnia majora.