Początek II wojny światowej Zmobilizowany w marcu 1939, walczył w szeregach 1. Pułku Strzelców Podhalańskich. Po internowaniu przez Armię Czerwoną, powrócił w rodzinne strony. W lutym 1940 nawiązał kontakt konspiracyjny ze Służbą Zwycięstwu Polski. Chcąc dostać się do Wojska Polskiego formowanego we Francji, przekroczył granicę ze Słowacją jednak został schwytany w Koszycach. W okolicach Nowego Sącza-Muszyny wyskoczył z transportu kolejowego do obozu koncentracyjnego w Oranienburgu, po czym ukrywał się pod przybranym nazwiskiem w różnych miejscowościach, w tym na terenie dawnego województwa kieleckiego.
Po powrocie do Wilczysk w połowie 1940, pod wpływem swoich krewnych, działaczy chłopskich Alojzego oraz Narcyza Wiatrów, nawiązał w Krakowie kontakt z działaczem Stronnictwa Ludowego „Roch” Janem Mazurkiem. Został łącznikiem okręgowych władz ruchu ludowego, a następnie komendy „Chłopskiej Straży” Chłostry. W okresie tym przewoził konspiracyjną prasę i rozkazy pod pseudonimem „Wilk”. Kazimierz Wątróbski był pierwszym stałym i oficjalnym łącznikiem ludowców pomiędzy Krakowem a powiatami gorlickim, jasielskim, krośnieńskim oraz sądeckim. W późniejszym okresie został także łącznikiem dla Śląska i Rzeszowa. Po kilku latach przekazał te funkcje swojej siostrze – Zuzannie Wątróbskiej, ps.