Otto, ) zaczęło od Machtergreifung tracić wielu wybitnych członków, nad czym Guido von Kaschnitz ubolewał, podobnie jak z obawami obserwował wzrost potęgi nazistowskiego reżimu. Bezskuteczne okazały się próby uzyskania na okres 1935–1937 nominacji na katedrę fryburskiego uniwersytetu lub do Niemieckiego Instytutu Archeologicznego w Rzymie, ponieważ w ocenie nazistowskich urzędników jego nieskrywana postawa antyreżimowa wykluczała objęcie takich stanowisk. W styczniu 1937 otrzymał natomiast nominację na stanowisko profesora zwyczajnego archeologii klasycznej oraz dyrektora Instytutu Archeologii Uniwersytetu w Marburgu. Tam też zastał go wybuch wojny, którego konsekwencją było według relacji Marie Luise Kaschnitz narastające przygnębienie, możliwe do opanowania tylko dzięki wytężonej pracy badawczej.
Ostatnie dekady mały|Płyta nagrobna małżonków Kaschnitz von Weinberg na cmentarzu w Bollschweilu