Bahoya zadebiutował w profesjonalnej piłce 6 stycznia 2023 roku przy okazji meczu Pucharu Francji z RC Strasbourg. Pojawił się na boisku z ławki, a jego drużyna awansowała po serii rzutów karnych. Swój pierwszy występ w Ligue 1 zaliczył 25 lutego 2023 roku przeciwko Olympique Lyon. Wszedł wtedy na murawę w miejsce Amine’a Salamy, a jego zespół przegrał to spotkanie 1:3.
2 września 2023 roku, w meczu 5. kolejki Ligue 2, pojawił się na boisku w 67. minucie i w samej końcówce zdobył swoją pierwszą bramkę w zawodowej karierze, w domowym spotkaniu z Paris FC wygranym 2:0.
Wybrany Odkryciem Października, Bahoya miał udział przy 13 golach od początku sezonu 2023/2024, strzelił 8 bramek, zanotował 2 asysty i wywalczył 3 rzuty karne. Na tym etapie rozgrywek był najbardziej decydującym zawodnikiem Ligue 2.
Eintracht Frankfurt 25 stycznia 2024 roku, podczas zimowego okna transferowego, Bahoya przeniósł się do Niemiec, podpisując kontrakt z Eintrachtem Frankfurt. Umowa obowiązywała do czerwca 2029 roku.
W barwach Eintrachtu zadebiutował w europejskich pucharach 26 września 2024 roku, rozgrywając swój pierwszy mecz w Lidze Europy przeciwko Viktorii Pilzno. Wszedł z ławki, a spotkanie zakończyło się remisem 3:3.