W 1985 roku przedsiębiorstwo posiadało 175 autobusów oraz 198 samochodów ciężarowych.
Transformacja ustrojowa (1986–2000) W latach 1986–1989, w związku ze zmianami gospodarczymi w Polsce (przejście z gospodarki planowanej do rynkowej), przeprowadzono restrukturyzację zatrudnienia oraz zmieniono profil działalności – z przewozów towarowo-osobowych na osobowo-towarowe.
7 czerwca 1990 roku, decyzją Ministra Transportu i Gospodarki Morskiej, utworzono samodzielne przedsiębiorstwo państwowe PKS w Elblągu. Firma posiadała wtedy:
145 autobusów, 101 samochodów ciężarowych, 85 przyczep, 639 pracowników.
W 1993 roku uruchomiono nowoczesną Okręgową Stację Kontroli Pojazdów.
W 1994 roku zarządzanie przedsiębiorstwem objął Władysław Brachun, co zapoczątkowało proces prywatyzacji.
W 1995 roku oddano do użytku ekologiczną myjnię samochodową.
W 2000 roku przedsiębiorstwo rozpoczęło obsługę komunikacji miejskiej w Elblągu oraz przekształciło się w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością, której udziałowcami zostało 456 pracowników.