dotyczą one nawet 50% osób szczepionych. Niewielka część szczepionych odnotowuje łagodną gorączkę. Ciężkie reakcje alergiczne zdarzają się rzadko, mniej niż raz na milion podanych dawek. Stosowanie w ciąży wydaje się bezpieczne.
W 2016 roku Health Canada ostrzegło o zwiększonym ryzyku anemii lub hemolizy u osób leczonych ekulizumabem (Soliris). Ryzyko było największe, gdy pacjent „otrzymał dawkę Soliris w ciągu dwóch tygodni od zaszczepienia szczepionką Bexsero”.
Mimo początkowych obaw dotyczących zespołu Guillaina-Barrégo, badania z 2012 roku nie wykazały zwiększonego ryzyka zachorowania po podaniu skoniugowanej szczepionki meningokokowej.
Wymagania dotyczące podróży thumb|upright=1.5|Podróżni muszą okazać zaświadczenie o szczepieniu przeciw meningokokom.
Podróżni wjeżdżający do pewnych krajów lub terytoriów bądź wyjeżdżający z nich muszą być zaszczepieni przeciw zapaleniu opon mózgowych wywołanemu przez meningokoki, najlepiej na 10–14 dni przed przekroczeniem granicy, i powinni móc okazać zaświadczenie o szczepieniu na kontroli granicznej. Do krajów wymagających szczepienia od podróżnych należą m.in. Gambia, Indonezja, Liban, Libia, Filipiny, a przede wszystkim Arabia Saudyjska — w odniesieniu do muzułmanów odwiedzających Mekkę podczas hadżdżu lub umry.