Format plików FreeCAD wykorzystuje własny format pliku oparty na archiwum zawierającym opis modelu i dodatkowe dane projektu (.FCStd). Umożliwia także import i eksport wielu standardowych formatów stosowanych w inżynierii i projektowaniu, w tym m.in. STEP, IGES, STL, OBJ, DXF, SVG oraz formatów związanych z BIM i wymianą danych między różnymi narzędziami CAD. Pozwala to na współpracę z innym oprogramowaniem oraz włączanie FreeCAD do istniejących łańcuchów narzędziowych.
Obsługa popularnych formatów używanych w druku 3D umożliwia eksport modeli przygotowanych w FreeCAD do programów typu slicer, a następnie do urządzeń drukujących. W zakresie dokumentacji 2D program oferuje eksport rysunków do formatów wektorowych, co ułatwia ich dalszą obróbkę lub włączanie do dokumentów technicznych.
Format DWG Szczególnym przypadkiem jest format DWG, wskazywany w dokumentacji FreeCAD jako natywny format programu AutoCAD. W samym FreeCAD obsługiwana jest jedynie geometria 2D, a do pracy z tym formatem wymagana jest instalacja modułów zewnętrznych.