Królowa Bona Sforza d’Aragona (żona króla Zygmunta I Starego) wierząc w cudowną moc Mogilskiego Jezusa, poprosiła o przyniesienie jej kosmyku włosów Jezusa w czasie choroby. Królowa po ich przyniesieniu miała wyzdrowieć (jak głoszą podania, włosy Pana Jezusa wówczas przestały odrastać).
Wielki kult rozwinął się po pożarze kościoła w 1447 w którym ocalał krzyż. Fakt ten osobiście potwierdził ówczesny bp krakowski kard. Zbigniew Oleśnicki. Od tego momentu nastąpił wielki napływ pielgrzymów. Przed cudownym Krzyżem Jezusa z Mogiły modlili się książęta i królowie polscy: książę Bolesław Wstydliwy ze swoją żoną Kingą, Kazimierz Wielki, królowa Jadwiga, Władysław Jagiełło, Zygmunt Stary, Zygmunt August, królowa Bona, Stefan Batory wraz ze swoją małżonką Anną Jagiellonką, Zygmunt III Waza, Jan Kazimierz razem z królową Marią Ludwiką oraz Michał Korybut Wiśniowiecki. Do Jezusa pielgrzymowali także: ks. Piotr Skarga, brat Albert Chmielowski i Aniela Salawa. Szczególnym nabożeństwem do Chrystusa Ukrzyżowanego odznaczało się również wielu biskupów krakowskich, zwłaszcza bp Iwo Odrowąż, bp Jan Prandota, kard. Zbigniew Oleśnicki, kard. Bernard Maciejowski, bp Jan Paweł Woronicz, bp Karol Skórkowski, kard. Albin Dunajewski, bp Jan Puzyna i kard. Adam Stefan Sapieha oraz abp Eugeniusz Baziak. Wielokrotnie do sanktuarium pielgrzymował ks.