Od 2008 relikwie umieszczone są w nowym relikwiarzu. Istnieje wiele specjalnych modlitw i pieśni do Pana Jezusa Ukrzyżowanego - Mogilskiego oraz koronka i litania do cudownego Pana Jezusa. Od września 1977 r., w sanktuarium zainaugurowano całonocne pokutne czuwania modlitewne w każdy ostatni piątek miesiąca, obecnie od 1978 w pierwszy piątek miesiąca. W okresie wielkiego postu kult ożywia się przez tradycyjne pasyjne nabożeństwa: Godzinki o Męce Pańskiej, Drogę Krzyżową (w każdy piątek przez cały rok) oraz Gorzkie Żale. Przy sanktuarium w ogrodzie cystersów znajduje się plenerowa Droga Krzyżowa. Wokół ołtarza z wizerunkiem Chrystusa znajdują się wgłębienia w posadce wyżłobione przez obchodzących ołtarz klęczących pielgrzymów. Sanktuarium w Krakowie - Mogile jest najbardziej znanym ośrodkiem kultu Jezusa Ukrzyżowanego w Polsce i najstarszym sanktuarium Pańskim w kraju, ma zasięg ogólnopolski oraz światowy;