Systematyka thumb|left|Rodzaj bezogoniec liczy 4 gatunki, prócz bezogońca sundajskiego zalicza się doń m.in. bezogoniec indochiński Gatunek po raz pierwszy zgodnie z zasadami nazewnictwa binominalnego opisał w 1837 roku holenderski zoolog Coenraad Jacob Temminck umieszczając nowo opisany gatunek w rodzaju Pachysoma i nadając mu epitet gatunkowy ecaudatum. Miejsce typowe to Padang na zachodniej Sumatrze w Indonezji. Holotyp to czaszka, luźne kości i zamontowana skóra dorosłej samicy (sygnatura RMNH.MAM.38025) ze zbiorów Muzeum Historii Naturalnej w Lejdzie. Okaz typowy został zebrany przez niemieckiego przyrodnika i zoologa Salomona Müllera.
Zalicza się on do rodzaju Megaerops, czyli bezogoniec, wraz z kilkoma innymi gatunkami, jak bezogoniec jawajski, bezogoniec indochiński czy Megaerops albicollis. Bezogoniec należy do plemienia Cynopterini, zasobnego w 14 gatunków, umieszczonych także w rodzajach Cynopterus (krótkonosek) i Ptenochirus (piżmolot). Wraz z drugim plemieniem Balionycterini, obejmującym 17 gatunków, tworzy ono podrodzinę Cynopterinae.