Po kasacie zakonu w 1782 roku, kościół został ponownie zamknięty 7 października 1787 roku, a jego wyposażenie usunięto. Planowano umieścić w nim archiwum. Kościół ocalał jednak dzięki nagłej śmierci Józefa II Habsburga. 6 czerwca 1792 roku koronowano w nim Franciszka I na króla Węgier i z tej okazji przed główną bramą zachodnią wzniesiono bogato zdobiony przedsionek.
W 1817 roku kościół przekazano garnizonowi budańskiemu z przeznaczeniem na cele religijne. W tym czasie zburzono kryty podjazd, a barokową wieżyczkę zastąpiono dachem w stylu bizantyjskim. Do podstawy wieży dobudowano również chrzcielnicę. Na początku lat 20. XX wieku kościół został przekazany rzymskokatolickiemu biskupstwu polowemu. Zmienił się także patron świątyni – św. Jana Apostoła zastąpił św. Jan Kapistran.
W 1945 roku, podczas oblężenia Budapesztu, kościół został poważnie uszkodzony – bombardowania doprowadziły do zawalenia się dachu i pożarów wewnątrz świątyni. W 1950 roku rozpoczęto renowację wieży kościelnej i w tym samym czasie decyzją władz komunistycznych kościół został wyburzony. W kolejnych latach na terenie świątyni przeprowadzono szereg wykopalisk, a także wzniesiono duże, gotyckie ostrołukowe okno, aby zobrazować rozmiary średniowiecznego kościoła.