Krótka czaszka nie ma zgięcia u swej podstawy (basicranial deflection), podobnie jak u bezogońca jawajskiego. Stopniowo wznosi się ona do punktu środkowego prawie w linii prostej, po czym gwałtownie opada. W umiarkowanie głębokim pysku kwadratowego kształtu kości nosowe i przedszczękowe lekko wystają do przodu. Zachyłki paranosowe są wąskie i rozdęte, sięgają one otworu zaoczodołowego. Z kolei wyrostek zaoczodołowy jest krótki i wystaje w kierunku tylno-bocznym. Autorzy opisują także małą i szeroką kość ectotympanic oraz długą kość entotympanic.
Płaskie podniebienie sięga daleko za linią zębów, kończąc się kolcem przechodzącym w środkowy grzbiet klinowy. Kolec taki występuje także u bezogońca sundajskiego, ale nie u bezogońca jawajskiego. Występuje 7 niepodzielonych grzbietów podniebiennych, a następnie 2 podzielone w centrum i 1–2 cieńsze, umieszczone dystalnie. Przypomina to anatomię bezogońca sundajskiego, podczas gdy u bezogońca jawajskiego widuje się więcej grzbietów.
Badacze opisują prostą i cienką żuchwę z wysokim i pochylonym wyrostkiem dziobiastym oraz wyrostkiem kłykciowym powyżej linii zębodołów, jak również zaokrąglonym końcem.