Zrezygnował z funkcji członka Słowackiej Rady Narodowej w lipcu 1950 r.
W lutym 1951 roku na posiedzeniu Komitetu Centralnego Komunistycznej Partii Słowacji Štefan Bašťovanský przedstawił raport na temat „ujawnienia szpiegowskiej i sabotażowej działalności V. Clementisa oraz frakcyjnej antypartyjnej działalności burżuazyjnych nacjonalistów w Komunistycznej Partii Słowacji”. Zarzucił w nim Šmidkemu, że ten zapomniał o swoim robotniczym pochodzeniu. Zaproponował jego wykluczenie z Komitetu Centralnego Komunistycznej Partii Słowacji. W lutym 1951 r. Šmidke został faktycznie usunięty z komitetu centralnego partii. Nie został ostatecznie nigdy postawiony przed sądem, chociaż Służba Bezpieczeństwa Państwowego gromadziła materiały na użytek takiego procesu. Proces tzw. słowackich nacjonalistów, w którym na kary więzienia zostali skazani m.in. Husák i Novomeský, miał miejsce już po śmierci Šmidkego.