Do węgierskiego parku przylega austriacki , utworzony w 1993 roku. Koordynację działań obu parków rozpoczęto w 1994 roku, tworząc wspólny park transgraniczny. Obszar obu parków narodowych został wpisany na listę światowego dziedzictwa UNESCO jako krajobraz kulturowy Jeziora Fertö/Nezyderskiego w 2001 roku; powierzchnia wpisu wynosi 74 716 ha. Część węgierskiego parku narodowego podlega ochronie w ramach obszaru Natura 2000. Jest to także rezerwat biosfery w ramach Programu Człowiek i biosfera, ustanowiony w 1979 roku.
86% gruntów węgierskiego parku znajduje się w posiadaniu państwa. Na terenie parku wyznaczono trzy strefy ochrony, z których najbardziej restrykcyjna położona jest w części centralnej; nie można w niej prowadzić żadnej działalności gospodarczej. W czerwcu 2017 roku 10 z 21 domków krytych strzechą doszczętnie spłonęło. Ostatni z nich rozebrano w 2021 roku. Pomimo restrykcyjnej ochrony w 2020 roku pojawiły się doniesienia o planowanej budowie hotelu w miejscu dawnych domków. Duża inwestycja była prowadzona w 2021 roku;