W takich sytuacjach stosuje się zmodyfikowaną wariancję Allana, która dzięki dodatkowemu uśrednianiu lepiej separuje te dwa reżimy.
Ograniczenia pomiarowe Interpretacja wyników zależy nie tylko od badanego źródła, lecz także od warunków pomiaru. Istotne są zwłaszcza szerokość pasma układu pomiarowego, ewentualny martwy czas między kolejnymi obserwacjami oraz łączna długość rejestrowanego szeregu. Jeśli czas uśredniania jest zbyt krótki względem efektywnego pasma aparatury, wynik dla szybkich składowych szumu może zależeć od właściwości toru pomiarowego, a nie wyłącznie od badanego oscylatora lub zegara.
Osobnym problemem jest martwy czas między próbkami. Klasyczna postać wariancji Allana zakłada pomiary bez przerw, czyli sytuację gdy między kolejnymi obserwacjami występuje przerwa, estymator może być obciążony i wymaga odpowiedniej korekty albo zastosowania licznika bez martwego czasu. W praktyce przed analizą często usuwa się też liniowy dryf częstotliwości, ponieważ statystyka Allana tłumi przesunięcie stałe i offset częstotliwości, ale nie eliminuje w pełni trendów długookresowych.