W 1999 roku, podczas wojny w Kosowie, budynek banku został poważnie uszkodzony w wyniku bombardowań.
Władza Bankowa i Płatnicza Kosowa (BPK) została powołana w listopadzie 1999 roku przez Specjalnego Przedstawiciela Sekretarza Generalnego ds. Kosowa bezpośrednio po zakończeniu wojny w Kosowie. W 2006 roku Specjalny Przedstawiciel wydał nowe rozporządzenie, na mocy którego BPK została przekształcona w Centralną Władzę Bankową Kosowa (AQBK).
Bank Centralny Republiki Kosowa został założony w czerwcu 2008 roku – w tym samym roku, w którym Kosowo ogłosiło niepodległość od Serbii – na podstawie ustawy nr 03/L-074 uchwalonej przez Zgromadzenie Republiki Kosowa.
Cele i funkcje Zgodnie z Rozdziałem III, Artykułem 7 Ustawy nr 03/L-209, działalność Banku Centralnego Kosowa opiera się na hierarchicznie zdefiniowanych celach:
Cel nadrzędny: Podstawowym zadaniem Banku Centralnego jest wspieranie i utrzymywanie stabilnego systemu finansowego, w tym zapewnienie bezpiecznego, rzetelnego i efektywnego systemu płatniczego. Cel pomocniczy: Dodatkowym zadaniem, podległym celowi nadrzędnemu, jest przyczynianie się do osiągnięcia i utrzymania stabilności cen krajowych. Wsparcie polityki gospodarczej: Bez uszczerbku dla realizacji powyższych dwóch celów, Bank Centralny wspiera ogólną politykę gospodarczą rządu.