Angers SCO W czerwcu 2013 roku Thomas podpisał kontrakt z Angers SCO, gdzie zadebiutował 2 sierpnia w spotkaniu ligowym z Istres (2:4). 27 sierpnia strzelił pierwszą bramkę dla SCO w spotkaniu z Tours FC (1:1). W barwach Angers stał się filarem defensywy, rozgrywając w Ligue 1 219 meczów i strzelając 14 bramek. W sierpniu 2017 roku przedłużył kontrakt z klubem do 2022 roku. 17 stycznia 2018 roku zaliczył dublet w spotkaniu Ligue 1 przeciwko Troyes AC (3:1). Sezon 2021/22 Thomas zakończył z Angers na ostatnim miejscu tabeli Ligue 1 – klub spadł do Ligue 2 po dziewięciu latach na najwyższym szczeblu.
SM Caen 17 czerwca 2022 roku Thomas podpisał trzyletni kontrakt z SM Caen. W barwach Caen rozegrał 82 mecze ligowe w Ligue 2, zdobywając 2 bramki (w spotkaniu ligowym z Rodez AF). Po wygaśnięciu kontraktu w czerwcu 2025 roku opuścił normandzki klub jako wolny zawodnik.