FC Lorient – akademia i rezerwy Kroupi dołączył do akademii Lorient w kategorii U8 w sezonie 2013/14, gdy miał zaledwie siedem lat. Przez prawie dziesięć lat przeszedł przez wszystkie szczeble akademii, wyróżniając się regularnością strzelecką. Na przełomie sezonów 2021/22 i 2022/23 dołączył do rezerw grających w Championnat National 2, gdzie zadebiutował 14 maja 2022 roku w spotkaniu z Romorantin (1:1). Dwa tygodnie później strzelił dublet w spotkaniu z AS Vitre (0:5). W sezonie 2022/23 rozegrał 15 meczów w rezerwach, strzelając 7 goli. Latem 2022 roku podpisał swój pierwszy profesjonalny kontrakt z Lorienthttps://www.ouest-france.fr/sport/football/fc-lorient/fc-lorient-premier-contrat-professionnel-pour-eli-junior-kroupi-d29eb026-e8bd-11ec-b461-7199fa778ee2.
FC Lorient – debiut w Ligue 1 i rekordy W marcu 2023 roku, jeszcze przed ukończeniem 17. roku życia, ówczesny trener Lorient Régis Le Bris po raz pierwszy powołał Kroupiego do składu pierwszej drużyny na mecz z Marsylią – bez wejścia na boisko, ale był to przełomowy moment w jego karierze. 3 czerwca 2023 roku Kroupi zadebiutował w seniorskiej piłce w ostatnim meczu Ligue 1 sezonu 2022/23 – Lorient wygrało 2:1 z Strasburgiem, a Kroupi wszedł z ławki w 83. minucie w miejsce Romaina Faivre'a.