Od czerwca do września 1993 roku przygotowano propozycje organizacji jednolitego systemu dowodzenia wojskami i siłami KOR, a w październiku 1993 roku zorganizowano konferencję wojskowo-naukową poświęconą skoordynowanemu użyciu sił floty, armii i obrony powietrznej na Morzu Bałtyckim oraz w obronie rejonu.
W styczniu 1994 roku odbyła się narada sztabowa z udziałem dowództwa Floty Bałtyckiej, 11 Gwardyjskiej Armii oraz Kaliningradzkiego Rejonu Obrony Powietrznej, a w marcu i kwietniu tego samego roku przeprowadzono dwa wspólne treningi sztabowe. Kaliningradzki Rejon Obronny został utworzony 1 sierpnia 1994 roku w granicach administracyjnych obwodu królewieckiego. W jego skład weszły między innymi Flota Bałtycka, wojska i siły Kaliningradzkiego Rejonu Obrony Powietrznej, 11 Gwardyjska Armia, kaliningradzka grupa wojsk pogranicznych FSB, jednostki wojsk wewnętrznych MSW oraz inne jednostki wojskowe. 1 lutego 1997 roku 11 Gwardyjska Armia została rozformowana, a jej pozostałe struktury przekształcono w wojska lądowe i brzegowe Floty Bałtyckiej.
Dekretem prezydenta Federacji Rosyjskiej z 27 lipca 1998 roku jednostkę przemianowano na Kaliningradzki Rejon Specjalny.