System rozgrywek Rozgrywki o Puchar Czarnogóry w sezonie 2025/2026 składały się z ćwierćfinałów, półfinałów i finału. We wszystkich rundach obowiązywał system pucharowy. Pary ćwierćfinałowe i półfinałowe wyłoniono w drodze losowania. Losowanie ćwierćfinałów przeprowadzono 8 października, a półfinałów – 1 grudnia 2025 roku. Klub Budva, jako zdobywca Pucharu Czarnogóry w sezonie 2024/2025, rozpoczął rozgrywki od półfinału.
W ćwierćfinałach zespoły w danej parze rozgrywały jedno spotkanie, natomiast w półfinałach – dwumecz. O awansie w dwumeczu decydowała liczba zdobytych punktów meczowych. Za zwycięstwo 3:0 lub 3:1 drużyna otrzymywała 3 punkty, za zwycięstwo 3:2 – 2 punkty, za porażkę 2:3 – 1 punkt, natomiast za porażkę 1:3 lub 0:3 – 0 punktów. Jeżeli po rozegraniu obu meczów zespoły miały taką samą liczbę punktów, rozgrywano tzw. złoty set do 15 punktów, z konieczną przewagą dwóch punktów. Zwycięzcy półfinałów zmierzyli się w finale Pucharu Czarnogóry.
Gospodarzem ćwierćfinału oraz pierwszego meczu półfinałowego była drużyna wylosowana jako pierwsza. Za zgodą obu stron możliwa była zmiana gospodarza.