Przeciwwskazania i ograniczenia Do sytuacji, w których rezygnuje się z dostępu przezpochwowego albo rozważa inny sposób obrazowania, należą brak zgody pacjentki, , przeszkoda w pochwie, niedawny zabieg operacyjny w obrębie pochwy, a w ciąży także przedwczesne pęknięcie błon płodowych i krwawienie w przebiegu łożyska przodującego. W rekomendacjach PTG wskazano, że u pacjentek z zachowaną błoną dziewiczą lub niewyrażających zgody na badanie przezpochwowe ocenę narządów płciowych można przeprowadzić sondą przezodbytniczą albo brzuszną.
Ograniczeniem badania jest to, że nie pozwala ono wykryć wszystkich nieprawidłowości. W zależności od wskazania klinicznego i warunków badania konieczne może być uzupełnienie ultrasonografii przezpochwowej o ultrasonografię przezbrzuszną, przezodbytniczą, przezkroczową lub inne badania obrazowe. Pomimo postępu technicznego ultrasonografia nie zastępuje w pełni innych metod diagnostyki obrazowej, takich jak tomografia komputerowa, rezonans magnetyczny lub klasyczne badania rentgenowskie, jeżeli są one potrzebne w konkretnym wskazaniu klinicznym.