Zrezygnowała ze stanowiska liderki Partii Demokratycznej w 2017, a w 2019 całkowicie zrezygnowała z członkostwa w partii.
Poglądy polityczne Marlene Farrugia wielokrotnie krytykowała swoją partię w różnych kwestiach, w tym kwestii ochrony środowiska i nadmiernego rozwoju oraz dobrego zarządzania. Określa swoje stanowisko polityczne jako centrolewicowe, jednak wpływa na nią również jej wiara rzymskokatolicka (jak na przykład w okresie poprzedzającym referendum z 2011 w sprawie wprowadzenia rozwodów, któremu początkowo sprzeciwiała się z powodów religijnych). Farrugia zabierała też głos w kwestiach związanych z ochroną środowiska (szczególnie w kontekście kontrowersji związanych z ) i dobrego zarządzania, a także ostro krytykowała udział , szefa sztabu ministra Konrada Mizziego i premiera Malty, w wycieku Panama Papers. Przez całą swoją karierę Farrugia często opowiadała się przeciwko aborcji, mrożeniu zarodków i wprowadzeniu pigułki „dzień po”. Niemniej jednak w maju 2021 przedstawiła parlamentowi projekt ustawy poselskiej, w którym zaproponowała dekryminalizację aborcji, argumentując, że „bycie pro-life nie powinno być postrzegane jako sprzeczne z samostanowieniem kobiet i ich prawami reprodukcyjnymi”.