Spór o egzempcję i misja w Rzymie W ostatnich latach życia Valentin Rüling był zaangażowany w spór o zachowanie niezależności śląskich opactw cysterskich. Dążył do ograniczenia wpływów czeskiego wikariatu oraz nacisków ze strony biskupstwa wrocławskiego. Istotą konfliktu był przywilej egzempcji, gwarantujący cystersom bezpośrednie podporządkowanie Stolicy Apostolskiej. Sytuacja zaostrzyła się w 1652 roku, gdy biskup wrocławski Karol Ferdynand Waza podjął próbę podporządkowania opactw cysterskich swojej jurysdykcji. W trakcie konfliktu opat z Henrykowa został uwięziony w Nysie, natomiast na pozostałych opatów, w tym na Rülinga, nałożono karę ekskomuniki, ogłaszaną publicznie w kościołach regionu. Pomimo ciężkiego stanu zdrowia Rüling udał się na początku 1653 roku do Rzymu. Dzięki interwencji u władz zakonu oraz Stolicy Apostolskiej doprowadził do rozstrzygnięcia sporu na korzyść śląskich opactw. W wyniku interwencji Stolicy Apostolskiej potwierdzono dotychczasowe przywileje cystersów, co umożliwiło zachowanie autonomii opactwa w Krzeszowie.
Śmierć i upamiętnienie Zmarł 20 października 1653 roku w Krzeszowie, krótko po powrocie z podróży do Rzymu. Został pochowany na miejscu.