11 czerwca 1920 został zatwierdzony z dniem 1 kwietnia 1920 w stopniu podpułkownika, w artylerii, w grupie oficerów byłej armii austriacko-węgierskiej. 9 listopada 1920 został mianowany dowódcą 14 pułku artylerii polowej. W tym samym roku został oskarżony o zabranie z majątku p. Ordęgi sani i serwisu oraz spuszczenia stawu, a następnie skazany przez Wojskowy Sąd Doraźny w Warszawie na karę trzech lat więzienia i wydalenie z wojska. Później Wojskowy Sąd Okręgowy Nr I w Warszawie uniewinnił go.
2 czerwca 1922 szef Sztabu Generalnego, gen. dyw. Władysław Sikorski wydał szefowi Oddziału V rozkaz o treści: „Zajmie się bezpośrednio sprawą ppułk. Kozubskiego, będącej w przeszłości, a to celem usunięcia krzywdy bez żadnej reszty wyrządzonej przez dzisiaj zniesiony, a tak go krzywdzący wyrok”. 16 grudnia 1922 zastępca dowódcy Okręgu Korpusu Nr I, gen. bryg. Stefan de Latour przesłał do Adiutantury Generalnej Naczelnego Wodza wnioski na odznaczenie podpułkownika Abdank-Kozubskiego Orderem Virtuti Militari z poparciem