Właściwym dowódcą był generał dywizji Daniel Konarzewski, ówczesny dowódca Okręgu Korpusu Nr I i były dowódca 14 Dywizji Piechoty, której oficerowie sztabu byli odpowiedzialni za popełnienie w 1920 czynów zarzuconych podpułkownikowi Kozubskiemu w postępowaniu karnym.
W międzyczasie (8 stycznia 1924) został zatwierdzony w stopniu podpułkownika ze starszeństwem z 1 czerwca 1919 i 17. lokatą w korpusie oficerów rezerwy artylerii. W tym samym roku został przyjęty na audiencji przez marszałka Józefa Piłsudskiego, który w ramach „naprawienia wyrządzonej mu ciężkiej krzywdy”, złożył obietnicę awansowania go na pułkownika i nakazał bezzwłoczne zajęcie się sprawą nadania mu Orderu Virtuti Militari. Obecnym na audiencji był podpułkownik Adolf Maciesza, zmarły w 1929, a jej świadectwo dał kapitan Franciszek Sakowski.
15 czerwca 1925 Sąd Honorowy dla Oficerów Sztabowych przy Ministerstwie Spraw Wojskowych pod przewodnictwem pułkownika Michała Bajera podjął uchwałę o oddaniu ppłk. Kozubskiego pod sąd honorowy jako winnego naruszenia godności oficerskiej. 5 września 1925 ten sam sąd, pod tym samym przewodnictwem, przy udziale obwinionego i jego obrońcy, pułkownika Korpusu Sądowego Bronisława Sikorskiego orzekł, że był winien: „1/.