Drugi etap był rozgrywany na szczeblu centralnym i obejmował 1/8 finału, ćwierćfinały, półfinały oraz finał. Od tego etapu do rozgrywek dołączyły drużyny z Superligi. We wszystkich rundach obowiązywał system pucharowy. Pary w poszczególnych rundach wyłaniano w drodze losowania. Losowanie 1/8 finału przeprowadzono 25 września, ćwierćfinałów – 25 października, a półfinałów – 29 listopada 2025 roku.
W 1/8 finału osiem najwyżej sklasyfikowanych drużyn Superligi sezonu 2024/2025 nie mogło na siebie trafić. W tej rundzie o awansie decydował jeden mecz, którego gospodarzem był zespół z czołowej ósemki Superligi poprzedniego sezonu.
W ćwierćfinałach i półfinałach o awansie decydował dwumecz. Za zwycięstwo 3:0 lub 3:1 drużyna otrzymywała 3 punkty, za zwycięstwo 3:2 – 2 punkty, za porażkę 2:3 – 1 punkt, natomiast za porażkę 1:3 lub 0:3 – 0 punktów. Jeżeli w dwumeczu oba zespoły zdobyły taką samą liczbę punktów, rozgrywano tzw. złoty set do 15 punktów.