Przemarsze wojsk oraz zniszczenia gospodarcze doprowadziły do osłabienia lokalnej gospodarki i ograniczenia wymiany handlowej. Po zakończeniu konfliktu przeprowadzono przymusową rekatolizację mieszkańców dóbr klasztornych, co wiązało się z migracją części ludności luterańskiej oraz zmianami w strukturze społecznej regionu. Dodatkowym czynnikiem wpływającym na przemiany społeczne było odbieranie świątyń społecznościom protestanckim. Proces ten przyczynił się do osłabienia dotychczasowych więzi opartych na współpracy między mieszkańcami różnych wyznań. W dobrach szlacheckich zachowano względną ciągłość dotychczasowych form zarządzania, natomiast w latyfundium klasztoru krzeszowskiego nastąpiło stopniowe zaostrzenie kontroli administracyjnej nad poddanymi. Wydarzenia związane ze śmiercią Marcina Clavei oraz następstwa wojny trzydziestoletniej doprowadziły do trwałych zmian społecznych, religijnych i gospodarczych na obszarze dóbr opactwa.