Krytykowali ją Rzecznik Praw Obywatelskich, stowarzyszenia sędziowskie Iustitia i Themis, Naczelna Rada Adwokacka, 23 sędziów Trybunału Konstytucyjnego w stanie spoczynku oraz organizacje praw człowieka. Pod presją Komisji Europejskiej i administracji amerykańskiej w czerwcu 2023 sankcję zakazu pełnienia funkcji publicznych uchylono. Komisja nie wydała sprawozdania końcowego pod rządem PiS. W grudniu 2023 Sejm odwołał jej członków, a rząd Donalda Tuska powołał pozaustawowy zespół analityczny pod kierownictwem szefa Służby Kontrwywiadu Wojskowego Jarosława Stróżyka. Zespół opublikował raport w 2024 i zakończył pracę w marcu 2025.
Postulat uchwalenia w Polsce ustawy o agentach zagranicznych pojawiał się w publicystyce, m.in. w 2016 na portalu Salon24.
Polski Instytut Spraw Międzynarodowych jest zarejestrowany w amerykańskim rejestrze FARA pod numerem 7134 z tytułu działalności biura w Waszyngtonie. Państwowymi osobami prawnymi finansowanymi z budżetu są Ośrodek Studiów Wschodnich i Centrum Dialogu im. Juliusza Mieroszewskiego, co czyni ich źródła środków jawnymi z mocy prawa. Prywatne think tanki, w tym Warsaw Institute, Nowa Konfederacja i Klub Jagielloński, podlegają standardowym obowiązkom sprawozdawczym fundacji i organizacji pożytku publicznego.