Alen Mustafić (ur. 5 lipca 1999 w Tuzli) – bośniacki piłkarz występujący na pozycji pomocnika w słowackim klubie Slovan Bratysława.
Kariera klubowa Mustafić rozpoczął profesjonalne treningi w 2010 roku w FK Slobodzie Tuzla z rodzinnego miasta Tuzla. W latach 2015–2018 szkolił się w akademii FK Sarajevo. W sezonie 2015/16 wywalczył z tym klubem mistrzostwo Bośni i Hercegowiny U-17, a w sezonie 2017/18 zdobył mistrzostwo kraju w kategorii U-19.
Na początku 2018 roku Mustafić został przeniesiony do kadry pierwszego zespołu i podpisał profesjonalny, trzyletni kontrakt. 25 lutego 2018 zadebiutował w Premijer lidze BiH w meczu FK Radnikiem Bijeljina, zakończonym bezbramkowym remisem. W sezonie 2018/19 – w którym zaliczył 9 ligowych gier – wywalczył on z FK Sarajewo krajowy dublet. 15 września 2019 w spotkaniu z FK Zvijezdą 09 (2:0) strzelił swoją pierwszą w karierze bramkę.
W styczniu 2020 roku Mustafić został wypożyczony na 6 miesięcy do Slovana Bratysława prowadzonego przez Jána Kozáka. 20 czerwca 2020 zadebiutował w Fortuna lidze w wygranym 3:2 meczu z MŠK Žilina. Oprócz tego zaliczył jeszcze 1 ligowe spotkanie oraz 2 występy w Pucharze Słowacji i zakończył sezon 2019/20 zdobyciem dubletu.