Obszar ziemski Górek Zagajnych wchodził w skład wzmiankowanej prowincji żnińskiej (Znein), wymienionej w 1136 roku w bulli gnieźnieńskiej. Na przełomie XII i XIII wieku Górki Zagajne były własnością księcia wielkopolskiego Władysława III Laskonogiego (1165-1231). W 1235 roku były własnością księcia wielkopolskiego Władysława Odonica (1190-1239). Później należały do rodów: Dryjów, Sobiejuchów, Dołęgów i Górków. W XIX wieku wieś była w posiadaniu rodziny SulerzyńskichSłownik geograficzny Królestwa Polskiego i innych krajów słowiańskich, pod red. F. Sulimierskiego, t. II, Warszawa 1881, s. 717..
Po II rozbiorze Polski w 1793 roku Górki Zagajne znalazły się w zaborze pruskim. W okresie od 1871 roku do początku XX wieku na terenie Górek Zagajnych i przyległych miejscowości nastąpił ożywiony rozwój gospodarczy. Zbudowano sieć dróg bitych, przeprowadzono prace melioracyjne, zbudowano kolej wąskotorową łączącą Górki Zagajne z cukrownią w ŻninieKłodziński S., Powiat szubiński. Opis dla władz, urzędów, instytucyj, organizacyj i osób prywatnych, Szubin 1935..