W czasie wojny i tuż po niej Bleuler pracował w środowisku szwajcarskiej fizyki teoretycznej. W 1942 roku był asystentem w Genewie, a od 1943 roku na ETH i Uniwersytecie Zuryskim. Habilitował się, został privatdozentem, a w 1945 roku profesorem tytularnym ETH i Uniwersytetu Zuryskiego. W latach 40. i 50. odbywał dłuższe pobyty naukowe m.in. w Rzymie, Birmingham, Sztokholmie, Helsinkach i Genui, a w 1957 roku objął profesurę na .

Od 1960 do 1980 roku Bleuler był profesorem Uniwersytetu w Bonn. Według historii bońskiego instytutu był pierwszym profesorem fizyki o wyłącznie teoretycznym profilu badawczym na tej uczelni. W Bonn utworzył Instytut Teoretycznej Fizyki Jądrowej, który stał się częścią tamtejszego środowiska teoretycznej fizyki jądrowej i hadronowej.

thumb|Grób Konrada Bleulera na cmentarzu Enzenbühl w Zurychu

Formalizm Gupty–Bleulera Najbardziej znanym wkładem Bleulera jest formalizm Gupty–Bleulera, rozwijany niezależnie od prac . Problem wynikał z tego, że w kowariantnym kwantowaniu elektrodynamiki pojawiają się stopnie swobody związane z fotonami podłużnymi i skalarnymi, które nie odpowiadają bezpośrednio stanom fizycznym.