Architektura Kościół Augustianów w Witkowie nowym był pierwotnie budowlą murowaną z cegły, tynkowaną, trójnawową o wymachach około 26 m x 11 m. Prezbiterium było nieco niższe od korpusu i dwuprzęsłowe. W 1850 roku rozebrano nawy boczne czyniąc z kościoła jednonawową świątynię. W związku z zawaleniem się oryginalnych sklepień przykryto nawę drewnianym stropem. W latach 30. XX wieku podczas jednego z remontów zrekonstruowano sklepienia kolebkowe w nawie.
Fasada kościoła była prosta, podzielona pilastrami i gzymsem. Do całej jej szerokości dostawiono kruchtę. Korpus nakryto dachem dwusadowym z ośmioboczną wieżyczką na sygnaturkę.
Od północnej strony do kościoła przybudowany był trójkondygnacyjny, murowany klasztor połączony ze świątynią wejściem z zakrystii. W wyniku złego stanu technicznego w trakcie XIX i 1. połowy XX wieku klasztor był obniżany i rozbierano część skrzydeł.